Geležies šalinimo metodo pasirinkimą įtakoja geležies kiekis bei rūšis. Oksiduotus geležies junginius (iškritusi Fe, rudas vanduo) nufiltruoja mechaninis filtras; dvivalentę Fe (žr. specifikaciją) surenka EWS vandens minkštinimo užpildas.

Kai Fe kiekis yra didelis, rekomenduojamas atskiras geležies šalinimo filtras. Dažnai pasirinkus vieną ar kitą geležies šalinimo sistemą, pirmoji pakopa (mechaninis filtravimas) eliminuojama, kadangi Fe filtras daugeliu atvejų atlieka ir mechaninio filtro funkcijas.

Nugeležinimo filtro paskirtis - surinkti vandenyje ištirpusią dvivalentę geležį, sieros vandenilį, manganą, mechanines priemaišas. Tai atliekama, naudojant aeracijos principą. Oras prieš filtravimo sistemą įvedamas į vandens tiekimo liniją ir statinio mikserio pagalba sumaišomas su geležingu vandeniu. Vandens ir oro mišinys patenka į oksidacinę talpą, kurioje dvivalentė geležis oksidacijos reakcijos pasekoje pereina į trivalentės geležies formą, sudarydama geležies hidroksido junginius (rūdis) ( Fe2 → Fe3 ). Pastarieji, vandeniui filtruojantis per specialų birių uolienų užpildą, esantį filtre, sulaikomi kartu su kitomis mechaninėmis priemaišomis. Filtravimo užpildo atnaujinimas ( atsiplovimas ) vykdomas automatiškai pagal užprogramuotą laiką, kuomet yra mažiausias vandens suvartojimas. Atplovimo metu filtravimo užpildas purenamas atbuline vandens srove ir visos įkrovoje surinktos netirpios dalelės bei trivalentės geležies hidroksido junginiai pašalinami į drenažą. Geležies pašalinimo filtrai sumažina vandenyje esančio mangano bei sieros vandenilio kiekį.